年末調整で還付される金額はどう計算される？ 源泉徴収・控除・還付のしくみを1円単位で理解する

2026-09-17 ｜ 年末調整 税金 手取り 会社員

便利箱編集部 ｜ 編集方針・情報の確認

「年末調整でいくら戻るの？」「なぜ今年は徴収されたの？」——会社員なら毎年11月〜12月になると誰もが気になる数字です。けれども検索すると「扶養をつけると戻る」「生命保険料を控除すると還付が出る」など断片的な説明はあっても、実際にどんな式でその金額が決まるのかを最初から最後まで追ってくれる解説は意外と少ないです。

この記事では、会社員・年収500万円・独身を主な具体例に、毎月の源泉徴収 → 年末調整による所得税の再計算 → 還付／追加徴収の求め方を1円単位で追います。自分の給与で同じしくみを理解したい場合は、手取り計算ツールで年収から課税所得の目安も同時に確認できます。

結論：年末調整は「毎月の概算徴収」と「年間の正味税額」の差を清算する

年末調整で還付（もしくは追加徴収）される金額の正体は、1年間に実際にはらべき所得税の総額と、毎月の給与からすでに徴収されていた所得税の合計の差です。

毎月の源泉徴収は簡易税額表を使って概算で行われるため、年の途中では完璧な税額になっていません。年末調整では年間の給与総額をベースに taxpayers 本来の所得税を再度計算し、既徴収額との差を最後に清算します。

このうち「毎月どれくらい徴収されていたか」は、源泉徴収票の「所得税の徴収額」欄の年間合計で確認できます。会社からもらう源泉徴収票・年末調整の計算書が結局ここでつながります。

ステップ1：給与所得控除 —「経費代わりに自動で引かれる額」

会社員には実際に使った経費を領収書で示す代わりに、給与所得控除が自動で認められています。年末調整はこの控除も年間の給与総額に合わせて正確に差し引きます。

たとえば年収500万円（年間給与総額5,000,000円）の場合、令和6年分以降の現行速算表では収入金額3,600,001円〜6,600,000円の区分になるため

給与所得控除 ＝ 5,000,000 × 20% ＋ 440,000 ＝ 1,000,000 ＋ 440,000 ＝ 1,440,000円

給与所得は

5,000,000 − 1,440,000 ＝ 3,560,000円

この段階が「年末調整で還付が出やすいか」に直結するわけではありませんが、課税所得のスタート地点が決まるため、控除の効き方を知るために重要なステップです。給与所得控除の早見表そのものは給与所得控除の計算記事で詳しく確認できます。

ステップ2：所得控除を引いて「課税所得」を出す

年末調整では、給与所得から以下のような所得控除を差し引きます。いずれも年末調整の提出書類に記入・証明をつけたものだけが反映される点が重要です。

• 社会保険料控除：年間を通して天引きされた健康保険料・厚生年金料・雇用保険料・介護保険料などの本人負担分（概算ではなく実際に天引きされた額）
• 基礎控除：原則として480,000円（所得の大きさや他の控除との関係で段階的に縮小する場合あり）
• 配偶者控除・配偶者特別控除：配偶者の年収要件を満たす場合
• 扶養控除：扶養親族の人数・年齢・同居の有無などで金額が異なる
• 生命保険料控除・地震保険料控除：年末調整で証明書類を提出した場合

具体例として、年収500万円・独身・扶養なし・社会保険料の年間天引き合計がおよそ725,000円の人を考えると

課税所得 ＝ 3,560,000 − 725,000 − 480,000 ＝ 2,355,000円

この2,355,000円が、所得税の税率を当てはめるベースになります。

もし配偶者控除（たとえば380,000円）が適用される人であれば、控除がさらに引かれて課税所得は小さくなり、結果として所得税も減ります。このように年末調整で控除の申告を揃えると、課税所得が下がる分だけ還付が出やすくなります。

ステップ3：所得税額の計算 — 速算表で一発

課税所得が決まると、所得税の速算表を用いて算出税額を求めます。令和6年分以降の現行速算表では、課税所得2,355,000円は「330万円以下」の区分（税率10%・控除額97,500円）に入ります。

所得税 ＝ 2,355,000 × 10% − 97,500 ＝ 235,500 − 97,500 ＝ 138,000円

さらに復興特別所得税（税率2.1%）が加算されるため

138,000 × 1.021 ＝ 140,898円

これが、この例の「1年間に本来納付すべき所得税の合計額」の目安です。

なお、住宅ローン控除など税額控除が適用される場合は、この算出税額からさらに控除されます。住宅ローン控除がある人は年末調整で差し引かれる額が大きくなるため、還付額も相対的に大きくなりやすいです。

住宅ローン控除の目安は住宅ローン控除 還付額計算、借入可能額の目安は住宅ローン借入可能額計算で確認できます。

ステップ4：毎月の源泉徴収合計と比較して還付／徴収を決める

毎月の給与から源泉徴収されていた所得税の合計額が、たとえば次のようにだったとします（以下は解説用の仮の数字です）。

• 毎月の概算徴収の合計：145,000円

年末調整で計算した本来の所得税額が140,898円であれば、差額は

145,000 − 140,898 ＝ 4,102円 → 還付

逆に、毎月の徴収合計が136,000円しかなければ

136,000 − 140,898 ＝ −4,898円 → 追加徴収

という具合です。毎月の概算徴収額は給与の金額階級と扶養人数で決まるため、年の途中で給与が増減すると、この差が大きくなることがあります。

会社からもらう源泉徴収票には「所得税の徴収額」（年間合計）と、年末調整後の「源泉徴収税額」（本来の税額に近い数字）が併記されているので、自分でも簡単に確認できます。

源泉徴収票の見方は源泉徴収票の見方記事で別途まとめています。

還付されやすい人・追加徴収されやすい人

還付が出やすくなりがちな例

• 年の途中で扶養親族が生まれた／配偶者が収入減で控除対象になったなど、年の途中変更が毎月の徴収に即時反映されていなかった人
• 生命保険料控除・地震保険料控除の証明を年末調整で初めて提出した人（今年から適用が始まるケース）
• 住宅ローン控除など税額控除の適用を受けている人（毎月の徴収は控除前のざっくり額なので、年末調整で調整が入ると還付側に傾きやすい）

追加徴収になりがちな例

• 昇給・賞与増などで給与の金額階級が上がり、毎月の簡易税額表の徴収が足らなかった人
• 配偶者特別控除が縮小・消失した人（配偶者の収入が増えて控除が減るなど）
• 扶養親族が減った人（子が独立・扶養から外れた場合など）で、控除が縮小した分だけ所得税が増える人

このように、還付されるか徴収されるかは「今年の年間の所得」と「毎月徴収されていた概算額」のすり合わせの結果であり、単に「控除が増えたから必ず還付」とは限りません。毎年結果が変わるのはこのためです。

注意点：年末調整では「住民税」は清算されない

よくある誤解の一つが、「年末調整で住民税も一緒に調整される」というものです。実際には年末調整は所得税（国税）の精算であり、住民税は基本的に別の仕組みです。

住民税は前年の所得をもとに翌年度の課税額が決まるため、今年の年末調整で出た所得税額の結果が、翌年の住民税の徴収に直接影響するわけではありません。住民税のしくみ・税額の決め方は住民税の計算記事で別にまとめています。

また、年末調整で出した所得税額が昨年に比べて増えた／減ったからといって、翌年の住民税の天引きが同じ額だけ動くわけではない点も覚えておくと混乱が減ります。

自分のケースで確かめたいときは

この記事の計算式をそのまま試したい場合は

• 年間の給与総額（賞与含む）を入れると給与所得控除・所得税の概算が出る手取り計算ツール
• 給与所得控除の早見表を直接確認する給与所得控除の計算記事
• 所得税率区分の早見表所得税率の早見表

を併せてご利用ください。ツールはすべてブラウザ内で計算し、入力した金額は外部へ送信されません。

注意点——数字はあくまで目安

本記事の数値は、会社員・独身・扶養なし・介護保険料なしを前提とした概算です。実際の年末調整の結果は、社会保険料の天引き実績・控除の適用可否・住宅ローン控除・生命保険料控除・配偶者・扶養の有無などにより数千円〜数万円単位で変わります。正確な還付／徴収額は、勤務先の年末調整の計算書・源泉徴収票・税務の公式案内が最終的な根拠になります。

制度・税率・控除額は変更される可能性があります。重要な判断は、国税庁の「年末調整のしかた」などの最新の公的資料や、勤務先・税理士などの専門家にも確認してください。

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月々の手取り全体を把握したい場合は手取り計算ツール、給与所得控除の詳細は給与所得控除の計算記事、所得税のしくみは所得税の計算記事、住民税の仕組みは住民税の計算記事、年収別の手取り比較は年収500万円の手取り記事もあわせてどうぞ。年末調整シーズンには「どの控除を出すと戻るのか」を見るために、年間の給与額から課税所得の目安を先に押さえておくと判断しやすくなります。

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