El griego antiguo incluye alrededor de 1,000 palabras que resisten la derivación del protoindoeuropeo y carecen de contrapartes claras en lenguas vecinas. Estos enigmas léxicos abarcan conceptos culturales fundamentales como λABÝRINΘΟΣ (labýrinthos) que significa 'laberinto', ἘΛΆΙΑ (elaía) para 'olivo', y los nombres de deidades y lugares importantes como ΑΧΙΛΛΈΎΣ (Akhilleús) para 'Aquiles', ὈΔΥΣΣΈΎΣ (Odysseús) para 'Ulises', ΚΌRINΘΟΣ (Kórinthos) para 'Corinto', ΑΘΉΝΑΙ (Athênai) para 'Atenas' / ΑΘΉ̓ΝΗ (Athḗnē) para la diosa Atenea, y ἌΡΗΣ (Árēs) para el dios de la guerra Ares. La ausencia de etimología indoeuropea para estos elementos del vocabulario central sugiere que fueron tomados de un idioma sustrato hablado en la región egea antes de la llegada de poblaciones que hablaban griego.
El proceso de préstamo implicó principalmente la adopción de términos locales para características ambientales novedosas encontradas por los griegos migrantes. Por ejemplo, la palabra griega para 'mar', ΘΆΛΑΣΣΑ (thálassa), no muestra origen indoeuropeo detectable, en contraste con la palabra ΠΌΝΤΟΣ (póntos) que conservó su significado original de 'camino/ruta' en otras ramas indoeuropeas como el latín pōns. De manera similar, los términos botánicos y zoológicos griegos como Ὕ̱AKINΘΟΣ (hyákinthos) para 'jacinto', ΣῦΚΟΝ (sŷkon) para 'higo' y ΚΥ̓ΠΑΡΙ̃ΣΣΟΣ (kypárissos) para 'ciprés' carecen de etimología indoeuropea y probablemente fueron tomados de los habitantes pregriegos. Algunos de estos préstamos dejaron rastros en otras lenguas antiguas; la palabra griega ἐλαία (elaía) corresponde al etrusco *eleiva y al posterior latín olīva, que finalmente se convirtió en la fuente de las palabras inglesas 'olive' y 'oil'.
Los estudios etimológicos brindan respaldo cuantitativo para la considerable influencia pregriega en el vocabulario griego. Un examen detallado del Dictionnaire Étymologique de la Langue Grecque de Pierre Chantraine reveló que aproximadamente el 52,2% de las palabras griegas muestreadas poseen una etimología 'oscura' que no puede rastrearse con confianza a familias de lenguas conocidas, mientras que menos del 40% muestra una clara línea indoeuropea. Un análisis posterior utilizando la lista comparativa Swadesh 100—una herramienta estandarizada para la comparación de vocabulario básico—confirmó que más de la mitad del vocabulario griego fundamental permanece sin etimología o de origen incierto. Estos números indican que una parte significativa del léxico griego proviene de un sustrato pregriego, coherente con la hipótesis de que el idioma de los habitantes anteriores de la región dejó una huella léxica duradera en el griego.