La afirmación central es que la ciencia moderna es sinónima del software de código abierto. Según la entrada de blog de Jens Egholm Pedersen, la ciencia construye y organiza el conocimiento mediante hipótesis y predicciones verificables, y en la ciencia computacional el software es cómo codificamos y compartimos esos modelos predictivos. Cuando los resultados científicos dependen del software, la corrección de dicho software afecta directamente la validez de la ciencia misma.
El software de código abierto proporciona las tres cualidades esenciales necesarias para una ciencia confiable: reproducibilidad, fiabilidad y modificabilidad. La reproducibilidad significa que los resultados deben ser sistemáticos y comprobables, no solo demostrados. La fiabilidad garantiza resultados consistentemente confiables en lugar de resultados inconstantes. La modificabilidad permite a los científicos adaptar y construir sobre trabajos existentes, de forma similar a cómo se refinaban las ecuaciones en la predicción científica. El autor señala que los errores de software ya han causado numerosas retractaciones científicas, y las prácticas de código abierto hacen que las imperfecciones sean públicamente visibles para que puedan ser enmendadas y mejoradas, tal como ocurre con el entendimiento científico mismo.
Mirando hacia adelante, el autor imagina un futuro en el que el software científico funcione como Wikipedia: los modelos climáticos mantenidos por comunidades globales donde las correcciones se propagan al instante, los resultados son inmediatamente reproducibles mediante artículos ejecutables, y el ritmo del descubrimiento se acelera cuando los investigadores construyen sobre trabajo ejecutable y modificable en lugar de partir de cero. Esta visión fortalecería la confianza pública pues los modelos mismos se convertirían en parte de la conversación científica. Sin embargo, el autor también reconoce que el software de código abierto no es una cura perfecta, señalando preocupaciones de propiedad intelectual y seguridad, errores restantes y desafíos de estabilidad, pero enfatiza que estas imperfecciones están en registro público y pueden abordarse de manera colaborativa.