古代ギリシャ語には、印欧祖語から派生せず、隣接言語にも明確な対応語がない約1000語がある。これらの語彙の謎は、ラビリンスを意味する λABÝRINΘΟΣ (labýrinthos)、オリーブの木を意味する ἘΛΆΙΑ (elaía)、そしてアキレウス (ΑΧΙΛΛΈΎΣ)、オデュッセウス (ὈΔΥΣΣΈΎΣ)、コリントス (ΚΌRINΘΟΣ)、アテナイ / アテナ女神 (ΑΘΉΝΑΙ / ΑΘΉ̓ΝΗ)、戦争の神アレス (ἌΡΗΣ) などの主要な神々や地名を含む。これらの核心語彙に印欧祖語の語源が見られないことは、ギリシャ語話者が到着する以前にエーゲ海地域で話されていた substrate 言語から借用されたことを示している。

借用の過程は主に、ギリシャ人が移住途中に出会った新たな環境特徴に対して現地の用語を採用することであった。例えば、『海』を意味するギリシャ語 ΘΆΛΑΣΣΑ (thálassa) は印欧祖語由来を示さず、これに対し ΠΌΝΤΟΣ (póntos) はラテン語 pōns と同様に他の印欧語派生語において元の『道/通り』という意味を保持している。同様に、ヒヤシンスを意味する Ὕ̱AKINΘΟΣ (hyákinthos)、イチジクを意味する ΣῦΚΟΝ (sŷkon)、クスノキを意味する ΚΥ̓ΠΑΡΙ̃ΣΣΟΣ (kypárissos) といった植物学・動物学の用語も印欧祖語由来がなく、前ギリシャ語話者から借用されたと考えられる。これらの借用語は他の古代語にも痕跡を残しており、ギリシャ語の ἐλαία (elaía) はエトルリア語 *eleiva に対応し、後にラテン語 olīva となり、最終的に英語の『olive』および『oil』の語源となった。

語源調査は、前ギリシャ語サブストレートがギリシャ語語彙に与えた影響の大きさを量的に裏付ける。ピエール・シャントレーヌの『Dictionnaire Étymologique de la Langue Grecque』を詳しく検討したところ、サンプルされたギリシャ語の約52.2%が既知の語族に確実に遡れない『不明瞭』な語源を持ち、明確な印欧祖語由来は40%未満であった。さらに、基本語彙比較の標準ツールであるSwadesh 100語リストを用いた後続の分析では、ギリシャ語の基本語彙の半分以上が語源不明または不確定であることが確認された。これらの数字は、ギリシャ語語彙の相当部分が前ギリシャ語サブストレートに由来することを示しており、地域の先住民の言語がギリシャ語に持続的な語彙的影響を残したという仮説と一致する。