古希腊语包含大约1000个词，这些词既无法追溯到原始印欧语，也没有在邻近语言中找到明显对应词。这些词汇之谜涵盖了基本的文化概念，例如 λABÝRINΘοΣ (labýrinthos) 意思是'迷宫'，ἘΛΆΙΑ (elaía) 意思是'橄榄树'，以及主要神祇和地名的名称，包括 ΑΧΙΛΛΈΎΣ (Akhilleús) 对应'Achilles'，ὈΔΥΣΣΈΎΣ (Odysseús) 对应'Odysseus'，ΚΌRINΘΟΣ (Kórinthos) 对应'Corinth'，ΑΘΉΝΑΙ (Athênai) 对应'Athens' / ΑΘΉ̓ΝΗ (Athḗnē) 对应女神 Athena，以及 ἌΡΗΣ (Árēs) 对应战争之神 Ares。这些核心词汇缺乏印欧语系的词源，表明它们可能是在希腊语使用者到达之前，被从爱琴海地区的底层语言中借用的。
借用过程主要涉及采用迁徙希腊人遇到的新环境特征的当地术语。例如，希腊语中表示'海'的词 ΘΆΛΑΣΣΑ (thálassa) 没有可检测到的印欧语起源，与之形成对比的是词 ΠΌΝΤΟΣ (póntos)，它在其他印欧语分支中保留了原始'路/路径'的意思，就像拉丁语的 pōns。同样，希腊语的植物学和动物学术语，如 Ὕ̱AKINΘοΣ (hyákinthos) 表示'风信子'，ΣῦΚΟΝ (sŷkon) 表示'无花果'，以及 ΚΥ̓ΠΑΡΙ̃ΣΣΟΣ (kypárissos) 表示'柏树'，缺乏印欧语词源，很可能是从前希腊居民那里借用的。一些这些借词在其他古语言中留下了痕迹；希腊语的 ἐλαία (elaía) 对应埃特鲁里亚语的 *eleiva，后来演变为拉丁语的 olīva，最终成为英语单词'olive'和'oil'的来源。
词源学调查提供了前希腊语对古希腊词汇产生重大影响的定量支持。对皮埃尔·尚特雷恩 (Pierre Chantraine) 的《希腊语言等词典》 (Dictionnaire Étymologique de la Langue Grecque) 的详细检查表明，大约52.2%的被抽样希腊词具备'晦涩'的词源，无法确定追溯到已知语言家族，而不到40%展示出清晰的印欧语系血统。随后使用 Swadesh 100 基础词表——一种用于基础词汇比较的标准化工具——进行的分析证实，基本希腊词汇中有超过一半仍未解明词源或来源不明。这些数字表明，希腊词汇中的相当一部分源自前希腊语底层，这与假设一致：该地区早期居民的语言在希腊语词汇上留下了持久的印记。